ZeissCZIReader

This page lists supported metadata fields for the Bio-Formats Zeiss CZI format reader.

These fields are from the OME data model. Bio-Formats standardizes each format’s original metadata to and from the OME data model so that you can work with a particular piece of metadata (e.g. physical width of the image in microns) in a format-independent way.

Of the 476 fields documented in the metadata summary table:

• The file format itself supports 158 of them (33%).
• Of those, Bio-Formats fully or partially converts 158 (100%).

Supported fields

These fields are fully supported by the Bio-Formats Zeiss CZI format reader:

• Arc : LotNumber
• Arc : Manufacturer
• Arc : Model
• Arc : Power
• Arc : SerialNumber
• Channel : AcquisitionMode
• Channel : Color
• Channel : EmissionWavelength
• Channel : ExcitationWavelength
• Channel : FilterSetRef
• Channel : Fluor
• Channel : ID
• Channel : IlluminationType
• Channel : Name
• Channel : PinholeSize
• Channel : SamplesPerPixel
• Detector : AmplificationGain
• Detector : Gain
• Detector : ID
• Detector : LotNumber
• Detector : Manufacturer
• Detector : Model
• Detector : Offset
• Detector : SerialNumber
• Detector : Type
• Detector : Zoom
• DetectorSettings : Binning
• DetectorSettings : Gain
• DetectorSettings : ID
• Dichroic : ID
• Dichroic : LotNumber
• Dichroic : Manufacturer
• Dichroic : Model
• Dichroic : SerialNumber
• Ellipse : ID
• Ellipse : RadiusX
• Ellipse : RadiusY
• Ellipse : Text
• Ellipse : X
• Ellipse : Y
• Experimenter : Email
• Experimenter : FirstName
• Experimenter : ID
• Experimenter : Institution
• Experimenter : LastName
• Experimenter : MiddleName
• Experimenter : UserName
• Filament : LotNumber
• Filament : Manufacturer
• Filament : Model
• Filament : Power
• Filament : SerialNumber
• Filter : FilterWheel
• Filter : ID
• Filter : LotNumber
• Filter : Manufacturer
• Filter : Model
• Filter : SerialNumber
• Filter : Type
• FilterSet : DichroicRef
• FilterSet : EmissionFilterRef
• FilterSet : ExcitationFilterRef
• FilterSet : ID
• FilterSet : LotNumber
• FilterSet : Manufacturer
• FilterSet : Model
• FilterSet : SerialNumber
• Image : AcquisitionDate
• Image : Description
• Image : ExperimenterRef
• Image : ID
• Image : InstrumentRef
• Image : Name
• Image : ROIRef
• ImagingEnvironment : AirPressure
• ImagingEnvironment : CO2Percent
• ImagingEnvironment : Humidity
• ImagingEnvironment : Temperature
• Instrument : ID
• Laser : LotNumber
• Laser : Manufacturer
• Laser : Model
• Laser : Power
• Laser : SerialNumber
• LightEmittingDiode : LotNumber
• LightEmittingDiode : Manufacturer
• LightEmittingDiode : Model
• LightEmittingDiode : Power
• LightEmittingDiode : SerialNumber
• Line : ID
• Line : Text
• Line : X1
• Line : X2
• Line : Y1
• Line : Y2
• Microscope : LotNumber
• Microscope : Manufacturer
• Microscope : Model
• Microscope : SerialNumber
• Microscope : Type
• Objective : CalibratedMagnification
• Objective : Correction
• Objective : ID
• Objective : Immersion
• Objective : Iris
• Objective : LensNA
• Objective : LotNumber
• Objective : Manufacturer
• Objective : Model
• Objective : NominalMagnification
• Objective : SerialNumber
• Objective : WorkingDistance
• ObjectiveSettings : CorrectionCollar
• ObjectiveSettings : ID
• ObjectiveSettings : Medium
• ObjectiveSettings : RefractiveIndex
• Pixels : BigEndian
• Pixels : DimensionOrder
• Pixels : ID
• Pixels : Interleaved
• Pixels : PhysicalSizeX
• Pixels : PhysicalSizeY
• Pixels : PhysicalSizeZ
• Pixels : SignificantBits
• Pixels : SizeC
• Pixels : SizeT
• Pixels : SizeX
• Pixels : SizeY
• Pixels : SizeZ
• Pixels : Type
• Plane : DeltaT
• Plane : ExposureTime
• Plane : PositionX
• Plane : PositionY
• Plane : PositionZ
• Plane : TheC
• Plane : TheT
• Plane : TheZ
• Polygon : ID
• Polygon : Points
• Polygon : Text
• Polyline : ID
• Polyline : Points
• Polyline : Text
• ROI : Description
• ROI : ID
• ROI : Name
• Rectangle : Height
• Rectangle : ID
• Rectangle : Text
• Rectangle : Width
• Rectangle : X
• Rectangle : Y
• TransmittanceRange : CutIn
• TransmittanceRange : CutInTolerance
• TransmittanceRange : CutOut
• TransmittanceRange : CutOutTolerance
• TransmittanceRange : Transmittance

Total supported: 158

Total unknown or missing: 318